影响微生物菌剂质量主要是菌种与生产工艺，不同企业生产的同类产品质量差异大；不同生产批次间差异大。菌种和产品同质化问题严重，菌种（菌株/菌系）同质化、产品组合大多雷同，更新换代慢；不重视菌种的筛选、保藏、复壮等。配套生产工艺不尽合理，对于微生物菌剂精细化技术含量高的产品，生产工艺是决定产品质量的关键因素。有的企业斥巨资在生产设备上，而有的企业设备不配套，生产出的产品质量当然就会有高低。现在也存在不少企业主要凭经验生产，设备不配套，企业间的设备和工艺差距大。
在枯草芽孢杆菌繁殖过程中，液体和固体发酵工艺各有优势。液体发酵扩增速度快、固体发酵获得产物酶系更丰富。因此市场上优质厂家会采用固液联合发酵工艺，使其优劣势互相补充。国内水产药品厂家限于成本考虑，无法组建自己的加工厂，更不能投资专业的生产设备，多为直接买入菌粉和复配物进行简单混合、分装，凭借终端低价抢占市场，而市场实际需求与产品研发之间完全缺失，只是凭感觉做产品，导致产品质量稳定性较差。
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